Immanuel is georganiseerd via oudsten en coördinatoren. Er zijn op dit moment twee oudsten; Johan van Eijk en Frans Schot. Daarnaast heeft de Gemeente Immanuel Gerrit Lolkema als gemeenteopbouwwerker aangesteld. Alle drie zijn ze getrouwd, hebben kinderen en ervaren een roeping van God om hun talenten in te zetten voor Gods Koninkrijk. Zij zijn verantwoordelijk voor het beleid in de gemeente en ze sturen de coördinatoren aan.
Er zijn coördinatoren op het gebied van jeugd, onderwijs, evangelisatie, muziek, pastoraat en kringen. De oudsten en coördinatoren doen hun werk op vrijwillige basis. De gemeenteopbouwwerker is als een betaalde kracht aangesteld in de gemeente.